Modern Warfare 2 deki son sahnede Soap, General Shepherd ile kavga sonucu ağır şekilde yaralanmıştı. Nikolai, Task Force - 141 e bağlı Soap ve Price'ı Hindistanın Himachal Pradesh ilçesindeki müttefiklerinin yanına getirir. Soap'u buradaki bir barınağa zütürürler ve hayata döndürmeye çalışırlar. Tam bu sırada Makarov'a bağlı bir grup asker barınağa saldırı düzenler. Nikolai'nın çağırdığı oradaki en iyi asker olan Yuri yardıma gelir. Eski bir Spetsnaz (Rus Özel kuvvetler) askeri olan Yuri Soap'a yardım eder ve barınaktan price ile onu kaçırırlar ve Helikopter ile oradan uzaklaşırlar.

Rus Başbakanı Boris Vorshevsky, Almanya Hamburg Barış konferansında Amerika ve Avrupa ile barış imzalayarak savaşı bitirmek ister. Rus başbakan, barış heyeti ve kızı ile özel başbakanlık uçağındadır. Bu bölümde biz Rus istihbarat servisi FSO ajanı Andrei Harkov'u oynacağız. Rus başbakanı uçakta toplatı odasına geçtiğinde birkaç dakika sonra silah sesleri duyulur. Makarov'un adamları uçağa sızmıştır ve kontrolü ele geçirmiştir. Başbakan ve kızını korumak ana görevimizdir. Uçak trübülansa girer ve yere çakılır. Başbakan, kızı ve birçok FSO ajanı ağır şekilde yaralıdır. uçağın düştüğü bölgeye Makarov'un adamları gelir. Başbakan ve kızını rehin alır. Makarov'un amacı Rus yapımı Nükleer bombaların sistem kodlarını almaktır. Bu şifreler bir tek Başbakanın izni dahilinde alınabilir. Bu yüzden kaçırmıştır.

Makarov, Başbakanı kaçırarak amacına ulaşmıştır. Şimdi kimyasal bombaları Paris, Londra ve Berlin şehirlerinde patlatarak savaşı hızlandırmak isteyecektir. Makarov, Afrikadaki bazı gerilla gruplarını para ile satın almıştır ve onları kullanıyordur. Makarov, Burdaki adamlarını Fas üzerinden ispanya'ya ordanda Avrupa ya yolluyor. Task Force 141(Price, Soap ve Yuri), Makarov'a ait önemli bir kargonun istihbaratını alır ve onu bulmak için Afrikadaki Sierra Leone ülkesine giderler. Afrikadaki Paralı Askerlerin çoğunlukta olduğu fabrikaya giderler kafat orada kargoyu bulamazlar. Nikolai'dan aldıkları istihbarat ile kasabanın merkezindeki Kiliseye giderler kargoyu almak için. Fakat geç kalırlar kargo Rus yapımı bir savaş helikopteri ile zütürülür. Price eski silah arkadaşı olan Captain MacMillan (Ukranya Pripyat şehrinde Imran Zekhaev suikast girişiminde bulunmuşlardı) durumu anlatır ve ondan bilgi ister, bu bilgi onu Somalideki paralı militanların liderine zütürür.